На главную страницу

Консервативные аминокислотные остатки в выборке 9 потенциальных ортологов ,белка LolB_ecoli

Матрица попарного сходства (% совпадения) последовательностей выборки ортологов

               LOLB_ACTAC   LOLB_HAEIN   LOLB_PASMU   LOLB_HAEDU   LOLB_ECOLI   LOLB_SALTI   LOLB_YERPE   LOLB_PHOLL   LOLB_VIBCH   LOLB_VIBVY 

  LOLB_ACTAC          100%                                                                                                                     

  LOLB_HAEIN           58%         100%                                                                                                        

  LOLB_PASMU           60%          50%         100%                                                                                           

  LOLB_HAEDU           42%          38%          43%         100%                                                                              

  LOLB_ECOLI           25%          22%          25%          23%         100%                                                                 

  LOLB_SALTI           25%          23%          26%          23%          91%         100%                                                    

  LOLB_YERPE           24%          22%          26%          24%          63%          62%         100%                                       

  LOLB_PHOLL           24%          20%          25%          21%          55%          54%          62%         100%                          

  LOLB_VIBCH           23%          21%          23%          22%          26%          27%          27%          25%         100%             

  LOLB_VIBVY           23%          22%          20%          23%          26%          26%          27%          24%          49%         100%


По заданию предлагалось сделать выборку белков в диапазоне от 50% до 75% identity, но такого числа белков с данным identity не нашлось, поэтому диапазон был несколько расширен.Один из изначально используемых имел процент сходства с остальными больший 90%, поэтому был удален из выборки.

Множественное выравнивание выборки ортологов

Следующее выравнивание было сделано с помощью программы emma пакета Emboss.
                                                                                                                                                                                                                         
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *                 8 0                   *            
L O L B _ A C T A C   :   - - M K K L K S Y V L L V L A V L F L T A C V T D Q E R P T N V K Y I E K T D R T W Q Q H F T Q L K Q I Q G Y P A L G Q L G Y I S S K E R F S T R F D W Q Y N N P R D Y T L Q L Y S   :     8 8
L O L B _ H A E I N   :   M N N M K T F K F F T A L F A T A I L T A C T L D M E R P T N V Q Y I D K T D A I W Q Q H L Q K I Q K I Q S Y Q A K G Q I G Y I S P T E R F S S R F E W Q Y Q N P K S Y T L K L Y S   :     9 0
L O L B _ P A S M U   :   - M V M K K Q H F L L P I I A S F F L F A C T L D T E R P T D V K Y I S H T D P T W Q Q H L S Q L K K I R D Y T N Q G Q L G Y I S Q K E R F S T R F D W Q Y Q N P T N Y R L T L S S   :     8 9
L O L B _ H A E D U   :   M K K S T L L F S L M A M A L S G C N S V L N A P I E V K K L V Y Q I E H T D P A W Q Q H L K Q L A E I K N Y E V K G Q F G Y I S P T E R F S A H F D W Q Y K T P I D F T L A L S S   :     9 0
L O L B _ E C O L I   :   - - - M P L P D F R L I R L L P L A A L V L T A C S V T T P K G P G K S P D S P Q W R Q H Q Q D V R N L N Q Y Q T R G A F A Y I S D Q Q K V Y A R F F W Q Q T G Q D R Y R L L L T N   :     8 7
L O L B _ S A L T I   :   - - - M T L P D F R L I R L L P L A S L V L T A C T L P G H K G P G K S P D S P Q W R Q H Q Q E V R H L N Q Y Q T R G A F A Y I S D D Q K V Y A R F F W Q Q T G Q D R Y R L L L T N   :     8 7
L O L B _ Y E R P E   :   - - - M P M R K R H F Y R L L P L A S L L L A A C T I P V S K G P A T S P T S P Q W R Q H E Q Q L Q Q L G Q F E T R G A F A Y L S D K Q K V Y A R F F W Q Q T S P E R Y R L L L T N   :     8 7
L O L B _ P H O L L   :   - - M K P I Q K L S L F R L L P L S C V L L L T A C T L T Q P G G T G S A D S P Q W R A H T Q Q L Q Q L N Q Y Q T R G S F A Y L S N E K K V Y A R F F W Q Q Y H P E R Y R L L L T N   :     8 8
L O L B _ V I B C H   :   - - - - - - - - - M N A L V R R L L P G L A S L L L L A G C A T A P L Q P V N V Q W Q S H Q V T L E Q I Q H Y Q L T G K L G Y I A P D Q R Q S F N F Q W Q K S - P Q K L S L R L S N   :     8 0
L O L B _ V I B V Y   :   - - - - - - - - - - - M F R R T Y F W L M L L P L F M V G C T G L P D H P T S V E W Q S H Q A K L S Q I Q S F Q A V G K L G Y I S P D Q R Q N L N F Y W K H S - P E Q S N L R F T T   :     7 8
                                                                                                            W     H                   y       G       Y i s                 F   W q       p         L   l                
                                                                                                                                                                                                                         
                                        1 0 0                   *               1 2 0                   *               1 4 0                   *               1 6 0                   *               1 8 0            
L O L B _ A C T A C   :   T I S S E T L Q I Q M H A Q G M T I S D N K G R Q R S A A D A K M L L R E I I G M D F P L E Q F A F W L K G Q P E D N A D Y Q V G E N H L L A T F S R T I D G K P W T A D Y L S Y H   :   1 7 8
L O L B _ H A E I N   :   L I S K S T L W I Q M H Q S G M T I S D N N G N Q Q S A A N S K L L L Q E I I G M D V P L E H L A Y W L K G Q P A M N A D Y Q V G T N H L L G A F T Y H V D G S Q W T A D Y L T Y H   :   1 8 0
L O L B _ P A S M U   :   T L S P T T L S I E V R H N V M H L S D N K G P L R S A Q D A K R L L K E I V G M D L P L D Q F A L W L K G Q P D E S R E Y R V A E N H L L A H F S Y P I D N Q Q W T A D Y L S Y H   :   1 7 9
L O L B _ H A E D U   :   N L S T K L L K L Q R S H Q G L T V S D S E G Y S R T E A D I H A L M Q E I I G V S F P I D Q F A Y W V K G Q P A Q E G N Y I V N E K R Q L S Q F S Y P I N Q Q I W Q A R Y V E Y H   :   1 8 0
L O L B _ E C O L I   :   P L G S T E L E L N A Q P G N V Q L V D N K G Q R Y T A D D A E E M I G K L T G M P I P L N S L R Q W I L G L P G D A T D Y K L D D Q Y R L S E I T Y S Q N G K N W K V V Y G G Y D   :   1 7 7
L O L B _ S A L T I   :   P L G S T E L E L N A Q P G N V Q L V D N K G Q R Y T A D D A E E M I G K L T G M P I P L N S L R Q W I L G L P G D A T D Y K L D D Q Y R L S E V N Y H Q D G K N W K V V Y G G Y D   :   1 7 7
L O L B _ Y E R P E   :   P L G S T E L E L V V Q P G V T Q L T D N Q G K R Y V S D D P Q E M I Q K L T G M S I P L E S L R Q W I L G L P G D T S D F T L D D K Y R L K K L T Y Q Q N G V T W V V D Y Q E Y N   :   1 7 7
L O L B _ P H O L L   :   P L G S T E L E L I V Q P N M T Q L T D S Q G K K Y F S D N P E E I I Y Q F T N M D I P L D N L R H W I T G L P G D A K N F K L D A N Y L L K T V N Y Q Q N G A T W Q V N Y Q S Y D   :   1 7 8
L O L B _ V I B C H   :   F L G Q T V L N L Q V D E Q G A R V E T Y D D Q I Y R D Q D A Q S L I R N L T G L D I P V E Q L E D W I L G L P T Q A T H Y E L N E Q N T L A T L T K L A S T E E W H V E Y Q R Y Q   :   1 7 0
L O L B _ V I B V Y   :   F L G Q T A L N L T M T P Q G A R V E T Y D D Q I L T A A N A T A L V Q Q L T G L V I P V E Q L S D W I I G L P N G A D D F Q L N E Q N T L S S L E K D L N F Q R W H I A Y T Q Y R   :   1 6 8
                            l         L                         d     g                                 g       P             W     G   P                           L                       W       Y     Y              
                                                                                                           
                                            *               2 0 0                   *                      
L O L B _ A C T A C   :   V N R R P - - - - P M P E N I L L K T E G Q T L K I R V D E W L F - -   :   2 0 7
L O L B _ H A E I N   :   S N N S M - - - - P E N I L L K N D S T K Q T L K I R V D E W I Y - -   :   2 0 9
L O L B _ P A S M U   :   Q L P - L - - - - P L P K D I L L K T E G Q T L K I R I D N W T Y - -   :   2 0 7
L O L B _ H A E D U   :   E N R V P - - - - Y L P K L I V L E N G Q Q T L K I R L D H W N Y - -   :   2 0 9
L O L B _ E C O L I   :   T K T Q P - - - - A M P A N M E L T D G G Q R I K L K M D N W I V K -   :   2 0 7
L O L B _ S A L T I   :   S K T Q P - - - - A M P A N M E L S D G S Q R I K L K M D N W I V K -   :   2 0 7
L O L B _ Y E R P E   :   T Q V T P - - - - S L P S R L E L N Q D G Q R I K L K M D S W T I K -   :   2 0 7
L O L B _ P H O L L   :   T S T T P - - - - A L P N R L E L I Q G D R R I K L K M D N W T T K -   :   2 0 8
L O L B _ V I B C H   :   A I E W Q H Q P I P L P D K L K L Q Q N K T S I Q L V I S Q W T L L P   :   2 0 5
L O L B _ V I B V Y   :   D V E F H Q Q V V P L P A K L S L T Q Q D I K L N I V V S K W T L K -   :   2 0 2
                                                p         l               k       d   W                    

На фоне расположены консервативные на 100% аминокислотные остатки, а на - консервативные на 80%.

3D-структура белка LolB_ECOLI с выделенными консервативными остатками зоны связывания лиганда

Изображенная модель структуры белка, полученная с помощью программы RASMOL, демонстрирует выделенные в виде ball-and-stick атомы и остатки, находящиеся в радиусе 5 A от лиганда, лиганд в виде шариков красного цвета. Зеленым цветом обозначены консервативные на 80% , а фиолетовым консервативные на 100% остатки, расположенные в зоне контакта

Просматривая, модель структуры белка можно сказать, что в зоне контакта белка есть консервативные остатки, но не так много, как ожидалось, что странно, так как в зоне контакта должно быть много консервативных остатков, иначе при многих заменах будет возможно то, что белок не сможет связывать лиганд. Но с другой стороны, если смотреть на участок выравнивания, который предположительно контактирует с лигандом, то можно сказать, что он гораздо более консервативен, чем все остальные участки данного белка.


© Хайруллина Гузель,2004